虽然驾驶机体非常痛苦，但随着和另外几位驾驶员相互认识，彼此之间相互相处，一切似乎都朝着好的方向发展，直到入侵的使徒变得越来越强，身边的伙伴陆续遭受不幸，而他却无能为力，最终看着明日香驾驶的二号机被量产机分尸，最终彻底陷入崩溃。
而这之后才是重点，他回忆起了曾经自己所经历的人类补完，也回忆起了曾经自己的决定让全人类陆续从血红色的海洋之中清醒过来。
而那时的他是茫然的，是蓝诺突然出现，这才让他找到了方向，让他认识到人们从海洋之中醒来，只不过是一切的开始，紧接着就又是一段让他感到无比温暖的记忆，在那段记忆之中，他一点点建立起自己的家园，似乎真的可以就这样让那些溶解在海洋中的人类陆续苏醒过来，重新恢复人类文明。
在这个过程中，他探索曾经的文明遗迹，找到重要的文明遗物，和阻挠自己的幕后势力战斗，一切逐渐朝着好的方向发展。
直到一台巨大的白色机体出现，而后蓝诺展现出了如同自己刚刚看到的那些人那样逆天的实力，却依旧无法阻止那台白色的机体，所有人都融化在了白光之中，而后一切重新开始，重新回到了起点，也是他这一生的开始。
“这一切原来都只是一个轮回吗？”碇真嗣从回忆之中清醒过来，看向蓝诺：“不管大叔究竟是从哪里来的，请帮帮我，我想要打破这个轮回，也想要知道世界背后的一切的真像。”
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