右二军相对集中，主要部署在姑塘水师基地、九江江面。
左七军在江北留有一团兵马，约两千人，主要负责在湘军背后打游击。
兴国一带，二师三团团长王铮率领两千人马，会同太平军胡万智部，坚持在敌后打游击，吴捷授予其独立师的番号。
二师师长倪云鹏负责保卫中兴公司，手下有三千人。
三师师长雷振邦负责守卫九江府城，手下有三千人。
姑塘水师基地由右二军复兴委员张允华负责守卫，抽调右二军两千人、各式战船数十艘。
吴捷亲自坐镇九江，手下还有水陆军一万六千人，作为机动兵力对抗湘军。
其中，陆军一万两千人，由左七军军长冯桂芳统领，一师师长徐琛作前敌统帅；水军四千人，由右二军军长史潘西统领，参谋长崔克作前敌统帅。
吴捷特别强调，攻守态势并非一成不变。譬如倪云鹏以两千人守卫中兴公司，假若湘军不来围攻中兴公司，倪云鹏即可转守为攻，分出兵力加强其他地方。
除复兴会的兵力外，太平军石达开坐镇湖口，是此次九江之战的总统帅，属下有两万精兵。
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