武德九年（626）夏，突厥数万骑犯边。李建成认为瓦解、分化秦王府精兵强将的机会来了。他向李渊推荐，由李元吉代李世民出征。
李元吉又请求将秦王府的名将尉迟敬德、程志节、段志玄、秦叔宝等调归自己使用，以增强北征实力。这一着实际上是要扼杀李世民。李世民感到危在旦夕，便与长孙无忌、高士廉、尉迟敬德等商讨对策，并派人密召房、杜二人进府，密商计策。
经过一番精心策划，李世民于武德九年六月四日发动了“玄武门之变”，在玄武门内设下伏兵，一举射杀了李建成和李元吉，为李世民夺取皇位扫清了障碍。
接着，又逼着李渊立李世民为太子，此时军政大权已完全落在李世民手中。李世民拜杜如晦为左庶子，协助他处理政务。同年七月，又调任杜如晦为吏部尚书。
善于理政善于治国
武德九年八月，李渊让位。李世民即帝位于东宫显德殿，改元贞观，尊李渊为太上皇。李世民做了皇帝，对群臣论功行赏，以房玄龄、杜如晦等五人功居第一。
进封杜如晦为蔡国公，赐食邑一千三百户。贞观二年晋升杜如晦为检校侍中，兼吏部尚书，检校侍中，即代理侍中，是门下省的长官，也就是宰相。
贞观三年唐太宗下诏授杜如晦为右仆射。从此，杜如晦与房玄龄同朝为相，为唐朝的盛世之治呕心沥血。
杜如晦是宰相，又是吏部尚书，执掌着选官任能的大权，他在引荐贤才，罢除不良官吏等方面，做了许多工作。
杜如晦取士用人，注重实践。当时选官取士往往重言词口笔，而不察其品德。杜如晦录用人员，主张先由州郡推荐，然后考核录用。在临终前他还推荐刚正不阿的戴胄做吏部尚书。
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