隋炀帝的残酷统治，使民怨沸腾，各地纷纷**而起，农民起义如火如荼。
先是山东邹平王薄，领导农民义军杀富济贫，攻占山东不少州县。及后，起义烈火愈烧愈旺，到大业十二年（616）农民起义的队伍已增加一百三十多支，参加人数有三四百万之众。
全国有三支强大的起义队伍：河南的瓦岗军，窦建德的河北起义军和杜伏威的江淮起义军。
杜如晦虽然很早就辞掉了淦阳县尉的职务，不愿为朝廷服务，但由于家世、经历和所受的教育，使他不可能和农民起义军走在一起。
在**的时局中，他和房玄龄一样，密切地注意着时局的变化。
随着农民起义的扩大，隋朝统治阶级内部也高举起反隋的大旗，隋的统治已分崩离析，摇摇欲坠。大业十三年太原留守李渊，在晋阳举兵反隋。
他率领其子李建成、李世民等向南方进发，由于甚得民心，加上策略得当，次子李世民英勇有谋，因而进军神速，所向无敌，在十一月，就迅速占领了隋代的都城长安！
弃暗投明秦王心腹
李渊父子攻克长安后，杜如晦见大局已定，又深知李世民英勇有谋，广结天下豪士，便只身投靠了李世民！
李渊进入长安以后，把隋炀帝的严刑苛政全部废弃，并与民约法十二条。除对拒不投降的阴世师等十余人处死外，其余一概不问。
出于策略原因，按起兵时定下的方针，李氏政权立年仅十三岁的杨侑为天子，并尊逃往江都的隋炀帝为太上皇。不久，江都发生兵变，隋炀帝为其部下宇文化及所杀。
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