南京守备和镇守太监一职没有变动，继续由魏国公和韩赞周担任，由于南京兵部变成了军机部，他们二人早已被架空了，除了能指挥得动南京京营这万把人，江南各地的驻军已跟他们没关系了。
朱慈烺任命邱致中为凤阳镇守太监，镇守太监所有权利全部收回，只负责掌管江北的军工厂和铁厂。
因史可法岳父去世，回家守制，漕运总督一职由抚宁侯朱国弼接任，朱慈烺暂时没有动他，任命朱大典为南直隶巡抚，顺道监督漕运。
原来的军屯部由赵景麟主管，负责操练各地屯田兵，军屯部的人不能入军机部，这是朱慈烺定下的规矩，避免练兵权和调兵权重合。
后勤部由太监卢九德主管，卢九德作为勇卫营的老人，多次随军作战，又深知兵法韬略，掌管后勤问题不大。
所有涉及到军队的部门，没有一个文官担任一把手，全由武将掌管，朱慈烺也不打算将来在军机部安插文人，准备来个文武分治。
对外作战，皇帝和内阁决定打不打，指定了作战任务后，至于怎么打，是军机部一众将军和参谋需要商量的事，文臣不得干预。
以文治国，以武安邦，术业有专攻，文武两班只需对皇帝负责即可，避免重蹈戚继光的悲剧，一代名将被文官的党争拖下水。
朱慈烺宁愿在自己百年后，大明的武将集团坐大，走对外扩张道路，也不愿文官一味的守成，不思进取。
当然了，这些都是后话，他一天没死，下面的人就翻不了什么大浪，未来大明具体如何平衡文武还需要时间来验证，慢慢的改进。
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