刑部尚书由原军法部顾威担任，负责南京诸司、公侯伯府、天武军等各军的刑名。
兵部改称军机部，除了原本的孙应元、黄得功、周遇吉、杨御蕃四人，朱慈烺又将曹变蛟、高邦、李少游三人加了进去，形成制衡。
礼部尚书依然由朱继柞担任，掌管礼乐、宗教、民族及外交之政，原詹事府少詹事杨士聪任正三品礼部左侍郎。
朱继柞居官清正，秉笔直书，历史上的名声极好，这位置非他莫属了。
工部尚书的人选也没动，还是熊明遇，朱慈烺命他在江南数省建造学校万余座，明年开春前必须完工。
朱慈烺将学校一块从礼部单独拿出，成立教化部，由李岩任尚书，冒襄和黄宗羲任主事辅助。
冒襄和黄宗羲都上岸了，冒襄识相灵活，还有才能，黄宗羲的教育思想比较先进，而且他们都是复社成员。
复社在江南的影响力极大，历史上抗清报国的人才也不少，朱慈烺任用他们二人，变相的拉拢复社年轻骨干，让其不闹事，发挥各自的才能，也是为了分化复社。
朱慈烺将聚贤楼招募的士人经过筛选移到翰林院，充当内阁顾问；将皇明军校迁到了南京，仍隶属军机部。
都察院左都御史由李邦华担任，主管官员的法纪监督，配合吏部的京察和考成法，其他所有职能全部收回。
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