祈祷指的是在诸佛菩萨及上师面前表白或祈请赐予自己所欲求的一切。当生起恶念时，祈请大恩根本上师赐予加持，消除此恶念；当生起善念时，此是大恩根本上师您的加持。口中念诵祈祷文，心中随文作意，这就是祈祷。
我们祈祷上师时应该认识到上师为九宝之尊三宝之总集。上师身为僧语为法意为佛。一切所作皆为上师之大悲加持。白天观想上师在梵顶，夜间观想上师在心间，走路观想上师在右肩，享用食物时观想上师在喉间。此为祈祷上师的殊胜窍诀，希望大家不舍此窍诀并作实修，一生一世便能证得金刚持的果位。
在前方虚空中观想具有十万花瓣的莲花中，有一日月垫，垫上坐着自己的根本上师，面相为上师，但本体与莲花生大师龙萨娘波阿弥陀佛等无二无别，具大悲智慧救度一切众生之力，这一切都要现量出现在自己前方。祈祷上师加持融入自相续，祈祷上师加持自心行于法，法行于正道，消除行道惑，幻化显智慧。
观想皈依境时，将上师栩栩如生地观想在自己对面上方的虚空中，挚诚祈祷。初学者难以清晰地观想皈依境，可以从下而上逐层观想，如莲花茎莲花瓣日月垫上师跏趺坐双手结定印身着三乘三袈裟……这样渐次观修。
在打坐之时也要如理祈祷，不能仅仅口中念诵“上师遍知上师遍知”。这样祈祷没有任何意义。祈祷之前要知道上师是谁？为什么要祈祷？上师之遍知是指什么？这些法义都要通达明了而去祈祷，否则得不到任何加持。
如果仅仅是口中呼唤“遍知！遍知！一切诸佛总集大恩上师遍知！”，眼睛却东张西望，耳朵听闻其它杂音意识也同样地散乱。这样去祈祷没有任何意义，也不会得到任何加持。
祈祷上师时并非仅仅口中念诵“上师遍知上师遍知”，而是全神贯注专注于上师，如同意根被上师夺走，自心无法从上师处收回，这样一种状态中祈祷。祈祷之时忆念上师的恩德大悲心和加持，并想到自己是低劣的修行者。
观想上师时，身双手合十恭敬端坐，语念诵祈祷文，心要祈祷上师此刻赐予金刚身语意之加持，加持自相续此刻心入法法入道道中除迷乱，直至生起汗毛竖立热泪盈眶这样的恭敬心。
仅仅口头念诵几遍祈祷文非为祈祷上师。念诵祈祷文的同时，一定要发自内心地呼唤祈祷上师，如是方为真正的祈祷上师。
先要认识上师是佛视师如佛，之后再祈祷上师加持自然得到了上师的大悲加持，自相续就会和以前不一样。这就是上师的大恩德大加持所在。
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