《明代政治史》认为：
“从主观上说，东林一方投入到党争之中，目的是要挽救朝廷的政治危机”，
“如果说党争无补于时政，那么东林党只是无心之失，不应受到过多的责备。相反，诸邪党以及阉党他们处处与东林为敌，加重了朝政的紊乱，破坏了正常的统治秩序，使国政在非良好的状态下运行，因此他们应负最主要的责任”。
邓泽森的文章称：“有的论著在辨析东林党着意政治改革时，持论似有失偏颇，认为‘他们的运动在体制意义上可以被认为是倒退了一大步'，是从张居正‘所采取的立场的重大退却'。持这种观点的学者，忽视了对上述两次改革客观条件差异性的认识”。
接着，又说：“东林党人的活动正是一小部分知识分子，代表着‘社会良心'发起的政治自救运动。东林领袖在同封建统治集团里邪恶势力的较量中，遭到彻底毁灭，但是他们仍以基督式的悲壮殉难，给后人树立起一座巍巍丰碑”，
“他们为民请命的义举和不畏强暴的抗争精神，犹如点缀封建末世夜空里的璀灿星辰。这是封建时代正直知识分子给历史留下的宝贵财富”。
刘泽华主编的《中国政治思想史·隋唐宋元明清卷》认为：
“东林党作为士人政治群体，是富于理想，能坚持原则又颇有牺牲精神的”，他们“继承了儒家传统政治思想中最有价值的内容”。
朱义禄《儒家思想人格与中国文化》认为：
“真正从群体自觉角度继承东汉士人的，是明末东林党人”，“他们高扬‘群善'的精神”，“以善恶来界分君子与小人”，“始终重视气节”，“堪称人格道德上的楷模”，“他们舍身救世，视死如归的崇高人格，却是耸立在神州大地的丰碑”。
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