由于一再受到攻讦，1611年（万历三十九），李三才不得已自动辞职。
这就是当时喧闹得不可开交的李三才入阁事件。
1620年（万历四十八年），明神宗死去，朝廷宣布撤掉一切矿监、税使，过去因反对矿监、税使而被处分的官员也酌量起用。
至此，反对矿、税之弊的斗争以取得一定程度的胜利而告一段落。
结果
由于东林党人开放言路指责朝政，触动熹宗时专权的大太监魏忠贤，魏忠贤开馆纂修《三朝要典》，在霍维华的基础上纂辑万历、泰昌、天启三朝有关梃击案、红丸案、移宫案三大案的档案资料，打击东林党，同时造编《东林点将录》等文件上报朝廷，1625年（天启五年），明熹宗下诏，烧毁全国书院。
次年，东林书院被拆毁。
东林党人也遭到打击，杨涟、左光斗等许多著名的东林党人都遭到魏忠贤及其党羽的杀害。
有“东林六君子”“东林七君子”之说。
1627年（天启七年），崇祯帝即位，魏忠贤被贬南直隶凤阳府看守皇陵，后魏忠贤畏罪自杀，阉党成员被革职下狱乃至处死，自此，阉党集团被彻底剿灭。
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