2005年12月18日，当队友们在洛杉矶与湖人队客场厮杀时，姚明返回休斯敦进行脚趾手术。
在错过了21场比赛之后，姚明重新回到了赛场，并在与孟菲斯灰熊队的比赛中得15分。
在2006年的全明星赛第二轮投票过后，姚明以1，319，868票高居榜首，科比·布莱恩特以1，213，387票位居第二。
2006年11月14日，对阵马刺获得职业生涯最高抢断次数4次；12月16日，对阵湖人获得职业生涯最高盖帽8个。
这个赛季姚明场均得到25分、9.4个篮板和2个封盖，得分首次超过麦迪。
但由于在与洛杉矶快船队的比赛中胫骨受伤，姚明这个赛季常规赛出场仅为48场。
在季后赛中，他场均贡献25.1分、10.3篮板，不过火箭队还是以3比4不敌犹他爵士队止步季后赛第一轮。
2008年2月26日，在率领休斯敦火箭队获得12连胜之后，被诊断舟骨裂缝，手术后需要休息4个月，07-08赛季剩余将无法出场，随后火箭队在麦迪带领下，继续赢下10连胜，创造NBA历史最长连胜纪录的第二位。
姚明在该球季出赛55场，平均取得22分，10个篮板及2个封盖。
这个赛季姚明场均贡献19.7分、9.9篮板和1.9封盖。
另外，他的赛季总得分达到了职业生涯最高的1，514分。
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