人体之中的某些微生物除了有帮助人体合成某些稀有物质之外，有的微生物还可以帮助人们消化食物，增加人体的免疫力。
通过分解人体之中的食物，微生物可以帮助人体合成某些人体必需的维生素，对一个人的消化和营养有着重要的意义。很多微生物对于一些有机物具有很强的分解作用，这是几百年前人们就已经证明了的，对于消化和合成方面的影响，人体消化道中的微生物起到了非常关键的作用。
除此之外，某些微生物还可以帮助调节人们的免疫系统，使人们保持健康免受致病细菌的侵害。尽管只有极少数的病原微生物对人体有害，但是在抗生素的研究开发之前，人类的发展史却是一部与病原微生物对抗的血泪史。天花和疟疾以及鼠疫，这些对现代人来说略感遥远的名字，却无不在人类的发展史上留下非常悲惨的一页。
有了抗生素之后，病原微生物依旧是危害人类健康的其中一个重要因素，二十一世纪初的非典就是一个惨痛的教训，除此之外，还有多年以来一直困扰医学界的艾滋病毒，关于艾滋病的治疗，直到李华他们那个研究团队在前人的研究基础之上，才找到了一个治疗艾滋病的方法。然而，这种治疗方法也依旧不能完全地消除艾滋病毒对人体的损伤，如之前提到的机体损伤一样，任何一点微不足道的机体损伤，通过累加之后，很有可能就成为了加速一个人死亡的催命杀手！
人体之中的某些微生物可以提高人体对某些病原微生物对人体的损害，这主要是一种竞争性抑制作用，此外还有其他的一些作用。
某些病原微生物在对人体产生危害之前，就必须先完成它自身的某些物质的合成，以及那一种微生物数量的繁殖，将人体之内的那一种病原微生物数量繁殖到某一数量，才可以对人体之中的免疫系统产生威胁，破坏并且对人体造成损伤。
当那些病原微生物想要利用人体之中的某些物质合成自身所需的物质，以此来抵抗人体的免疫作用以及增加自身数量的时候，人体之中的某些无害的微生物就会与那些病原微生物争夺相同的物质。很多时候，由于人体之中的那一些对人体无害的微生物是人体之中的最早的主人，他们能够利用的资源和力量要更多一些，所以病原微生物通常很难从人体之中的那些微生物的手中抢到相应的物质。
这就是人体之中的对人体无害的微生物对病原微生物的一个竞争性抑制作用，人体之中的这些正常微生物通过争夺侵入人体的病原微生物合成和繁殖的必要物质，以此来抑制病原微生物在人体之中的生长和繁殖，也以这种方式来减少微生物对人体的危害。
除此之外，人体中某些对人体本身无害的微生物可以直接对侵入人体的微生物产生作用，直接影响侵入人体的那些微生物的生长和繁殖的那一些过程，直接抑制侵入人体的那些病原微生物的各种作用，甚至是直接引起侵入人体的那些病原微生物的直接死亡！
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