石遵自破城之后，斩张豺于平乐市，夷其三族。假刘氏令曰：“嗣子幼冲，先帝私恩所授，皇业至重，非所克堪，其以遵嗣位。”于是遵即皇帝位，大赦！
当石遵起事之时，对武兴公冉闵道：“努力！事成，以尔为太子。”而此时石遵为得人望，立故燕王石斌子衍为皇太子。以义阳王石鉴为侍中、太傅，沛王石冲为太保，乐平王石苞为大司马，汝阴王石琨为大将军，武兴公冉闵为都督中外诸军事、辅国大将军。
石遵诏命未至，沛王石冲听闻石遵杀石世自立，宣告群下道：“世受先帝之命，遵辄废而杀之，罪莫大焉！其敕内外戒严，孤将亲讨之。”于是留宁北将军沐坚戍幽州，帅众五万自蓟南下，传檄燕、赵，所在云集！
石冲大军行到常山，跟随而来的讨逆军已然十余万众。恰在这时，石遵的任命诏书到了，石冲见自己坐得太保，心生退意。便对众僚属道：“皆吾弟也；死者不可复追，何为复相残乎！吾将归矣！”
此言一出，将属们大都附和，只将军陈暹道：“彭城篡弑自尊，为罪大矣！王虽北旆，臣将南辕。俟平京师，擒彭城，然后奉迎大驾。”
于是石冲心定，继续进军。遵使武兴公冉闵及李农等帅精卒十万讨之，由于石冲手下多是些不习战阵的百姓，遇冉闵所帅精兵，一战之后，知不能敌，便多所溃散。冉闵乘胜又领大军与石冲交战于平棘，冲兵大败。石冲虽引骑逃走，却终被抓获，赐死！其部众三万余人被坑杀。
冉闵平叛之后，自恃功高，想要把控朝政，而又对掌控关中而握有兵权的蒲洪（后改名苻洪，是苻坚祖父。）有所忌惮！便对石遵道：“蒲洪，人杰也；今以洪镇关中，臣恐秦、雍之地非复国家之有。此虽先帝临终之命，然陛下践祚，自宜改图。”
于是石遵便下诏免除蒲洪都督之职，蒲洪接到诏书后，大为恼怒。便帅众回到枋头，把守这军事要地！然后向晋室派出密使，请求回归晋廷，并请求晋室能出兵相助！
鉴于石遵刚刚平定了石冲的叛乱，国中还不稳定，一直在辽东虎视眈眈的燕国已经有些蠢蠢欲动了，于是平狄将军慕容霸上书言：“石虎穷凶极暴，天之所弃，馀烬仅存，自相鱼肉。今中国倒悬，企望仁恤，若大军一振，势必投戈。”
然而燕王慕容俊以新遭大丧，不宜议兵，将其搁置。远在边关的慕容霸闻讯，立马赶回燕都龙城，向慕容俊进言道：“难得而易失者，时也。万一石氏衰而复兴，或有英雄据其成资，岂惟失此大利，亦恐更为后患。”
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