无奈之下，华民只好扯起明朝大旗，打算以此震慑西班牙殖民者，促其收敛。
西班牙总督下令收缴华人武器，并以“登记户籍”为借口，诱骗华民集中到马尼拉城内。
接着突然关闭马尼拉城门，在城内逐户搜杀华民，甚至连老人、儿童也不放过。
逃至城外的华民被西班牙骑兵追杀，或被诱骗投降后集体处决。
此次大屠杀，共计25000华民被杀，占当时吕宋华民总数的八成以上，华民的财产全部被西班牙人瓜分。
消息传到大明后，福建巡抚徐学聚上疏请求征讨西班牙。
但朝廷因“?寇未平、国库空虚”，仅派官员前往马尼拉进行“谴责”，没有采取任何实质行动。
（《明史·列传·卷二百一十一》外国四载：三十二年十二月议上，帝曰：“嶷等欺诳朝廷，生衅海外，致二万商民尽膏锋刃，损威辱国，死有余辜，即枭首传示海上。吕宋酋擅杀商民，抚按官议罪以闻。”学聚等乃移檄吕宋，数以擅杀罪，令送死者妻子归，竟不能讨也。其后，华人复稍稍往，而蛮人利中.国互市，亦不拒，久之复成聚。）
一句“竟不能讨也”，道尽多少无奈和悲凉，同时也让万历皇帝遗臭万年，同时也让海外华民心寒。
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