二、助长党争，败坏纲纪。
最为典型者，莫过于历史上的东林党人。
明朝后期的东林党，就是在这种情况下产生的。
他们以书院为据点，鼓动“清议”，频频上疏弹劾权臣，口号响亮，却常裹挟私怨，借道德之名进行政治报复，致使朝政掣肘，台谏交恶，君相离心。
而书院之下，士子众多、门生遍布，结党成风。
“座主门生”之制在书院大行其道，导致“举贤不公、仕途成局”，破坏科举制度的初衷。
三、固化阶层，断绝寒门。
朱元璋创社学，本欲“使贫贱子弟亦能读书入仕”，然而世族书院盛行后，寒门子弟便被挤出教育体系之外。
书院以门第荐才、以族亲资助，考试内容亦趋功利，只为应试之道，不讲大义之理，更不顾下层之需。
即便后世如王阳明等高士，也尝试开办下层书院（如稽山、龙冈），广纳寒门，但终敌不过士绅财力所筑起的壁垒。
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