团为基本作战单位，可以单独到一地执行任务。一团辖三个主力营，另外配属侦察连、骑兵连、通信连、炮兵连、工兵连、特务连等直属部队。
师为战役级单位，可以单独组织一场战役，享有相当大的独立指挥权。
第三，完善指挥系统。团以上设置指挥机关，分为参谋部、政工部、保障部，直接为军政首长服务。
参谋部负责作战指挥，下辖侦察科、作战科、通信机要科、军务科等，首长称参谋长。
政工部主抓复兴会支部建设，下辖组织科、宣传科、干部科、教育科、纪检科等，首长称主任。
保障部负责后勤装备保障，下辖后勤科、军械科等，首长称部长。
第四，陆军、水师分立。陆军番号为左七军、水师番号为右二军，对外仍称太平军左七军、右二军。
左七军、右二军受复兴会总部直接领导。
左七军辖三个主力步兵师，另有炮兵团、骑兵团、工兵团、侦察营、特务营、通信营等直属部队。
冯桂芳任军长，邹世安任复兴委员，参谋长为卢波克。一师师长为徐琛，二师师长为倪云鹏，三师师长为雷振邦，各自兼任复兴委员。
倪云鹏是九江本地人，之前任左七军斥候总管，此次吴捷特别把他超拔为师长，成为一方大员。
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