一旦美国实施了细菌战，很可能会被中国发现。那时候美国当然可以完全否认自己进行了细菌战，但是中国会持续揪着细菌战的问题对美国进行道义攻击。而且美国对中国使用细菌战，就完全有可能对美国进行对等报复。罗斯福自己就是病毒受害者，他很清楚美国国内的医疗系统到底是什么水平。如果遭到中国大规模细菌战，美国也未必能够承担的住。
否定了细菌战，罗斯福发现他剩余的底牌就是核武器。现阶段美国已经开始在田纳西的橡树岭修建核武器试验场。
1939年，刚到美国的爱因斯坦就给罗斯福写了一封信，在信中向罗斯福阐述了美国研发核裂变为主的核武器的必要性。
爱因斯坦在信中强调，“……我了解到德国实际上已经停止了捷克斯洛伐克矿山的铀交易，并对其进行了接管。它已经采取这样早的行动是可以理解的，根据德国副国务卿的儿子魏茨泽克，供职于柏林凯撒--威廉研究会，而在那里美国关于铀的活动一直在重复着。”
罗斯福认为，爱因斯坦是在“明示”，德国正在进行核武器研发工作。如果美国不跟上，就会赶不上德国的研发进度。
之后美国陆军就开始搞起了核武器研发。罗斯福原本就默许了这些研究，1942年初，美国科学家虽然对原子弹的机制、应该努力的方向，甚至费用和时间都有了大致的构想，但核研究的庞大工程已经超过了科学研究机构的能力。
当时美国经济已经转向战争，没有一家工业公司能在短期内完成有关生产设施的建设。美国核研究的负责人之一布什认为，只有军队以最高优先权，才能在战争结束前生产出核原料来。1942年1月9日，他在给罗斯福总统的报告中，强调了原子弹的光明前景，提出把全部的研制和生产管理移交给军队。
2月17日，布什给罗斯福准备了一份将核计划全部交给军队领导执行的详细报告。此时罗斯福在白宫办公室里，早已研究了爱因斯坦的信，正一直举棋不定。接到布什的建议后，罗斯福立即批复了布什的报告。
如果细菌战不可取，喷气式战斗机也无法成为美军战胜中国军队的王牌，罗斯福只能把希望寄托在正在研发的核武器上。根据美国科学家提供的数据，一枚核武器的威力就能摧毁一座城市。
罗斯福相信美国有能力研发出核武器，但是一种不祥的念头萦绕在罗斯福心头。如果中国也拥有了核武器呢？
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