对兵部和朝廷的调兵和作战命令也完全不理会。
虚报战功也是肆无忌惮，基本上把皇帝和朝廷当傻子一样糊弄。
崇祯元年，他与袁崇焕矛盾激化，军饷被断，商船遭禁，毛文龙上奏无果后东江士兵哗变，八月他索性带人在登州上岸高武装示威把山东总兵杨国栋的功德碑给砸了！
十月朝廷仍不发饷银，毛文龙率兵至登州劫掠物资，登莱震动，当地官员皆上书弹劾毛文龙说他意图谋反。
现在又做实了他参与晋商走私的罪名！
这种人基本上就相当于后世的独立军阀，和朝廷要钱还不听朝廷指挥，朝廷不给钱，就抢劫闹事。
袁崇焕杀他理由也是充足的。
如果袁崇焕杀了他以后，派遣一个听话且能力强的将领在皮岛蹲着，时不时捅皇太极屁股两刀，估计朝廷上下所有人都会夸他杀得好。
但问题是袁崇焕杀了毛文龙之后，虽然安排了人手留在皮岛，且让登莱巡抚按时提供军饷，但这些人的能力和对皮岛士兵的掌控力远不如毛文龙，并且他还派遣了许多不知兵的文官上岛激化了矛盾。
己巳之变后，袁崇焕下狱，朝廷对皮岛的钱粮供应可难以支撑，皮岛布置彻底崩盘，崇祯四年孔有德、耿仲明降清，并带去了火炮技术，崇祯七年尚可喜降清东江镇最后一支主力失去！
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