第二、宣布设立分项负责大臣，翁同龢为内政大臣，奕劻为外事大臣，张之洞为科教大臣，敬信为代国防大臣，荣禄为代旗政大臣，李鸿藻为代产业大臣，世铎为代保安大臣，孙毓汶为代法务大臣等等。
第三、其他各部或统或分，由几个大臣分别负责。
那一天终于来了。日本在向大清连下几道“绝交书”之后，终于忍不住了，出兵占领了朝鲜汉城王宫，并伺机向驻扎在牙山的清军军营进攻。由于统帅部的成立实在太晚，虽然大臣们都知道朝鲜会打仗，但并没有一项具体的命令下达到各军，于是驻扎牙山的叶志超、聂士成等部在得知汉城陷落后，欲往平壤撤退，绕道驻扎在成欢，经与日军大战，获胜，但还是撤到了平壤。
成欢之战后，清日两国正式宣战。
与此同时，统帅部下达第一号令，宣布从即日起，举全国之力与日本作战，全体大清臣民均有协助作战之责，任何协助日本人者均视为叛国，任何境内的日本人均视为间谍，由保安大臣负责侦查、抓捕，由法务大臣负责检控、审判。
由外事大臣负责通告各国，任何个人或者组织，如与日本进行军事或准军事贸易的，视为与大清敌对，今后在对外关系应对上予以不利对待。
由内政大臣通告国内，各提督、总兵、督抚、知府、知县必须具文表达自己对支持朝廷对战日本的态度，违者调离，同时开始筹划征收对日作战税，补齐饷银。
由国防大臣负责一切作战相关辅助事宜，以北洋司令部作为前线指挥部，全权负责一切作战调度事宜。
由产业大臣负责调动国内资源以资军用。
将对日作战总体事宜都确定了之后，吴大佛便开始与林绍年研究禁酒的事了。
林绍年归还了圣旨，拿出了具体的文件，吴大佛一条一条仔细看，对其中不满意的地方打回，说：“现在已经与日本开战了，统一全国上下的行动至关重要，如果连一个禁酒这样的小事都办不好，那还怎么做大事？再给你一天的时间，如果还做不好，那朕就要撤职了。”
林绍年赶紧离开。
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