王世充趁机突然发动袭击，在邙山脚下大破李密。李密战败后惧怕翟让旧部报复，仓惶西逃长安投奔了李渊。秦琼被俘后暂时投奔了王世充，被封为龙骧将军！
唐武德二年二月，秦琼因不耻王世充奸诈的为人，与程咬金等人乘唐郑两军于九曲对阵之时投奔了李唐，被唐高祖李渊安排到秦王李世民府上任职。
李世民对秦琼的英勇早有耳闻，对他十分礼遇，授予了他马军总管的职位，随自己一同镇守长春宫。
同年十一月，宋金刚先后攻陷晋州、浍州，唐朝河东告急，李世民调关中兵马率领秦琼等前往征讨。
唐军经龙门踏坚冰渡过黄河，于柏壁扎营与宋金刚对峙。十二月，永安王李孝基于夏县战败，唐俭、于筠等唐将均被宋军大将尉迟恭俘虏。
尉迟恭得胜后返回浍州途中，李世民派秦琼、殷开山于美良川将其击破，斩首两千余级。
武德三年四月，宋金刚因粮尽向北败走，李世民一路追击至介休。宋金刚以残部精兵两万出城西列阵与李世民决战。
李世民派遣秦琼、程咬金、李勣攻打阵北，翟长孙、秦武通攻打阵南，与宋军交战后假装后退。等宋金刚来追之时，李世民亲率精骑冲杀其后军，结果宋金刚大败而逃，尉迟恭等人献出介休、永安二城降唐。
美良川击败尉迟敬德，秦琼立功最多，李渊赐给秦琼金瓶，并慰劳秦琼说：“你不顾妻儿远道而来投奔我，如今又立下这样的大功！”
“我的肉都可以割下来给你吃，更何况是赏赐一些仆婢和财帛呢。”战神李玄霸言道。
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