李孝恭平灭萧铣后，被拜为荆州大总管，岭南四十九州皆望风而降，李渊大喜，任命他为荆州大总管，下诏画工图其击破萧铣之状以呈进朝廷。
李孝恭治理荆州有方，大力开置屯田，创设铜冶，以便利百姓。
不久迁任襄州道行台左仆射。那时岭表地区还未平定，他便分别派遣使者抚慰，其投诚归附者有四十九州，使朝廷号令畅通于南海之滨。
武德六年，杜伏威的部将辅公祏反唐、杀王雄诞、率部占湖州。孝恭率兵前往九江，李靖、李勣、黄君汉、张镇州、卢祖尚全都受他指挥。
出发之前，大飨将士，杯中之水忽变为血，在座者脸色尽变，孝恭举止自如，从容不迫地开导说：“祸福无门，惟人所招！我没做什么负心事，诸位不必为我如此忧心。”
“辅公祏恶贯满盈，如今依仗朝廷威灵以问罪致讨，杯中之血，乃是贼臣授首的征兆而已！”
一口饮尽，众心遂安。辅公祏部将冯惠亮等人守险邀战，孝恭坚守壁垒而不出战，派出奇兵断绝贼寇粮道，贼众渐饥，夜逼其营挑战，孝恭坚卧不动。
第二天，派出羸弱兵卒前往贼营挑战，令卢祖尚挑选精骑严阵以待。
不一会儿羸兵退却，贼寇追击败卒甚为嚣张，与祖尚之军相遇，交战一场，大败其众，冯惠亮退守梁山，孝恭乘胜攻破梁山别镇，贼众赴水死者数以千计！
武德七年三月二十八日，辅公祏穷蹙，放弃丹阳逃走，孝恭派出骑兵穷追，俘获辅公祏于武康。
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