在他摄政的三十年之间，下诏兴隆佛法，创建寺院，亲自宣讲佛经及著疏，遣使入唐，将自朝鲜传入中国文化的途径，改为由日本直接与隋唐文化的交流，并以佛教为国教。
推古三十三年，高丽沙门慧灌抵日，弘传三论，开日本三论宗之始，门下俊杰甚多，三论便成为此期佛教的主流。另道昭入唐，从玄奘大师习法相，为日本法相宗的初传。
综观佛教于此初传期间，得到国家的保护，唯当时社会仍多以求神的心态奉佛，尚未进入真正的慧解与行持。
平安前期的佛教，以最澄和空海从唐朝传入的天台宗及真言宗最盛。
最澄入唐，兼学密、禅、戒各宗，日本佛教因此具有复合性，融和而成日本特色的天台宗。而空海著有《辨显密二教论》，是最早的密宗教判理论书。
至此，日本佛教已渐脱离中国的范畴，而发展出民族化的佛教。
另在最澄及空海度唐前后，许多僧侣亦同时至中土求学，即所谓“入唐八家”，也闻名古今，所学皆与密教有关。
因此，平安前期的日本佛教，可称为密宗的兴隆时期，佛教深受贵族们所信仰，因此贵族青年皆以出家为风尚。
日本天台宗效法中国天台山国清寺奉“周灵王太子乔”为“山王”的做法，将比睿山延历寺的镇守神日吉明神奉为“山王”。
认为日吉神社所供奉的山王明神本地乃是释迦法身佛，为日本的最高神，并在日吉神社内建造了神宫寺。形成一套比较完整的“山王神道”学说。
因真言宗神道理论的主要特色，是以密教大日如来的金刚界、胎藏界两部理论来解释和论证伊势神宫内宫外宫的统一关系，故名“两部神道”。
在日本的《丽气记》解释，日本皇室的祖先神天照大神乃是大日如来的化身。
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