南京六部是明成祖朱棣迁都北京后，仍然在南京保留的吏、户、礼、兵、刑、工六部。每部只设一个尚书，两个侍郎。南京六部衙门行文时要署名“南京X部”字样。
明朝行使双京制，南京和北京一样，设六部、都察院、通政司、五军都督府、翰林院、国子监等机构，官员的级别也和京师相同。
永乐十九年，成祖皇帝朱棣诏令“六部政悉移而北”，正式以北京为都。
成祖皇帝迁都北京后，出于种种原因，仍然保留了南京的都城地位，并保留了一套中央机构。
虽然南京六部的权力远不如北京六部，但是南京六部也有一定职权。
主要是因为南京所在的南直隶地区辖十五个府又三个直隶州，却不设布政司、按察司、都指挥司三司，原来三司执行的职权便由南京六部负责，其中又以南京户部、南京兵部的权力最重。
南京户部负责征收南直隶以及浙江、江西、湖广诸省的税粮。同时还负责漕运、全国盐引勘合。
大明从始至终，南京户部一直负责这一事务，其中只有两年南京户部不负责这个事务。
正德三年，刘瑾变法，由北京户部负责，“南京引板，俱令销毁”，但在正德五年，刘瑾被诛后户部奏请“刷印盐引，仍隶南京户部”，获得批准，此后一直未变。
南京户部侍郎因此经常兼任总理粮储。
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