凡武职世官、流官、土官之袭替、优养、优给等项，所属皆上报于府，府再转送兵部请选。
选定后，经府下达都司卫所。
首领官之选授和给由，皆由吏部。
其它如武官诰敕、水陆步骑之操练，军伍之清勾替补，俸粮、屯费与屯种之器械、舟车，军情声息，边腹地图文册、薪炭荆苇诸事，移与相关机构会同处理。
各府只有统兵权，调兵之权在兵部，每逢战事发生，由皇帝命将为帅，调领五军都督府所辖卫所之兵佩印出征。
军还即归印于朝，兵回卫所。
明中后期五军都督府失去了参政、议政权，由“总内外诸军事”的中枢机构变成处处受制于兵部的单纯执行命令的机构，则是一分为五背后都督府实权削弱殆尽的事实。
五军都督府和兵部都听命于皇帝，五军都督府调有统兵权而无调兵权，兵部拥有调兵权而无统兵权。五军都督府和兵部相互节制互不统属。
明朝建国之初，大都督府总揽军旅、军政大权，建立五府、六部后，军旅、军政之权分属于五军都督府和兵部，而明后期军旅、军政之权又趋于统一于兵部。
军队应该是一个高度集中统一的武装集团，因为只有高度的集中统一才有较强的战斗力。
从这个角度来看，明后期五军都督府权力的削弱和兵部权力的加强是一种进步，对增强军队战斗力有利，而统一于文官的兵部又不会对皇权构成威胁。
因此可以说，明中后期基本建立了既能增强军队战斗力，又不妨害中央集权的中央军事领导体制。
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