还写下了《自明疏》，他在《自明疏》说：“窃臣（直觅利商海，卖货浙、福，与人同利，为国捍边，绝无勾引党贼侵扰事，情，此天地神人所共知者。
夫何屡立微功，蒙蔽不能上达，反罹籍没家产，臣心实有不甘。”
接着他又向朝廷报告日本的情况：“日本虽统于一君，近来君弱臣强，不过徒存名号而已。其国尚有六十六国，互相雄长。”
最后他向皇帝恳请：“如皇上仁慈恩宥，赦臣之罪，得效犬马微劳驰驱，浙江定海外长涂等港，仍如广中事例，通关纳税，又使不失贡期。”
也就是说，把广东允许开放通商口岸，设立海关收取关税的做法，推广到浙江沿海，并且恢复日本的朝贡贸易关系，那么，东南沿海的所谓“倭患”就可以得到解决。
历数自己剿贼的功劳后，他仍祈求皇上开放海禁，并承诺“效犬马微劳驰驱，愿为朝廷平定海疆。”
此间，朝廷命令卢镗攻击舟山的毛海峰、大友家朝贡船队。
毛海峰据山而守，明军屡攻不克，并趁机打破包围，扬帆而去。
此后毛海峰和谢和等率领汪直的旧部多次进犯福建沿海。
在历史上的嘉靖三十八年十二月二十五日汪直被斩首于浙江省杭州府官巷口，临刑前见儿子最后一面，父子抱持而泣，汪直拿一根髻金簪授其子叹曰：“不意典刑兹土！”
而后伸颈受刃，至死不挠。
汪直被处死后，由于群龙无首，倭寇之患又严重起来。
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