扎雅纠合了近三十万大军将樊一蘅的六千标营明军围住，使得樊一蘅的六千明军根本无法打赢，最终全军覆没，而樊一蘅因此不得不绝望自杀，但他作为一个文臣，腕部力量实在是太小，想自刎都割不断主动脉，最后还是让他的仆人持着长矛将他捅穿而死。
而扎雅也因为起兵造反后让大明损失了一名总督而有些得意起来，而认为大明虽然强大但也不能在西边表现得特别的强悍而已。
所以，扎雅干脆绕开安西都护府，直接率兵进逼肃州，威逼大明的河西走廊。
朱由检知道扎雅叛乱后当即命令黄得功重新征西，并火速派大军回师救援安西都护府的白文选部明军。
但很快，朱由检就又知道了川陕总督樊一蘅自杀殉国的消息。
这让朱由检有些恼火。
打西域最重要的就是后勤粮草的调运。
而樊一蘅任川陕总督多年，对于钱粮调度业务一向很有经验，是朱由检得以用兵亦力把里的重要支撑。
但是朱由检没想到樊一蘅这个文官总督竟会想到自己先去平叛，而不是先向他禀报，请求增派大规模的援军去亦力把里平叛。
朱由检只得火速启用已被任命为四川巡抚的刘文秀。
因为大明进军西域的粮草供应除部分来自于陕西汉中外，主要其实还是来自于四川。
刘文秀作为四川巡抚，一归附大明后就自请解散自己的兵马，在四川屯田，如今也一直作为樊一蘅副手，调度四川的粮食到陕西，所以，朱由检让刘文秀接任樊一蘅担任川陕总督，自然是最合适的。
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