最终查出触犯法禁的有四百六十多人，始皇帝下令全部在咸阳活埋，借以警戒后人。其余罪过轻微的则全部派遣到边境戍边。
听到这个命令，蒙毅大吃一惊，他负责案件的审理汇总，知道其中很多人是被其他人诬陷的，并没有罪，并且其中不少都是儒生出身，为寻求进阶之梯才当了术士，对帝国文人都有很大的影响力，因此蒙毅劝谏道：“陛下！四百多人之中不少是被牵连进来的，罪不至死，请陛下三思。”
始皇帝自从扫平六合以来，一直认为自己功盖五帝，前无古人后无来者，没想到卢生和侯生竟然这样议论自己，不仅否定了自己所有的功业，而且连一个合格的皇帝都算不上，其心中恼怒可想而知！如今当事二人全部逃脱，怒火无处发泄，如今蒙毅却求情，心中怒火又起，斥责道：“蒙毅！你也糊涂了吗？天下之大，如果我连自己的尊严都无法保全还如何治理国家？这些术士仗着我平日对他们的宠信，竟敢在背后抨击朝政，扰乱民心，如何能饶恕！你不必多说了，立刻处死所有在押的术士！”
蒙毅见到始皇帝如此决绝，知道再劝下去也不会有结果，只会更加激怒始皇帝，不得已只能领命而去。
长子扶苏与蒙毅一向交好，扶苏还娶了蒙毅的妹妹。蒙毅了解扶苏的脾气，知道他如果知道此事也一定会去劝谏始皇帝，因此出来皇宫便马不停蹄的赶到扶苏住处。蒙毅下马，连忙往长子府奔去。此时，扶苏正急匆匆的出门，二人差点迎头相撞。
蒙毅见扶苏一身朝服打扮，知道自己所料不错。但此刻他却假装不知，问道：“公子这是要急着干嘛？”
扶苏道：“听说父皇要处死四百多个术士，蒙兄赶紧同我一起前往劝谏父皇，阻止这件事啊！”
蒙毅连忙拉住扶苏，道：“公子此刻千万不要莽撞，陛下正在气头上，现在去劝谏非但阻止不了坑杀之事，还极有可能惹火上身！”
扶苏不满的说道：“我一直以为蒙兄是忠义之人，如今怎可见死不救？此刻不去劝谏，杀了这些术士，天下人必将认为父皇不明是非，滥杀无辜，大错一旦铸成，必将留下千古骂名啊！”
“此事我当然明白，不瞒公子，我刚刚就去劝谏过陛下，但现在陛下怒火难消，是听不进去劝谏的！”
“即使父皇不听我也要去！至少要让天下知道父皇身边还有忠臣！”
蒙毅拉住扶苏，急道：“公子三思啊！陛下身体日渐衰老，册立太子是迟早的事，现在不宜多生事端，触怒陛下！”蒙毅知道扶苏平日就与始皇帝多有芥蒂，这也极有可能是始皇帝迟迟不肯册立太子的原因，此番如果再触怒皇帝，太子之位就又远了一层。
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