中央正式的司法机关是刑部、大理寺、都察院，合称“三法司”，各自的具体分工有所变化。
刑部，专司审判之职，分别受理地方上诉案件、审核地方徒刑以上重案，审理京师地区和中央百官的案件。
大理寺，掌复核，凡刑部所审案件，都须将案卷连同罪犯，移送大理寺复核。
都察院，原本大明的风宪衙门，什么屁事都能管，现在只负责监察文官，对官吏的违法失礼行为有权纠察弹劾。
朱慈烺考虑再三，最终还是给了都察院遇到重大案件可以参与三司会审的权利，三方总比两方来的稳定。
如果是皇帝亲自交代的案件，则还需要三法司会同东缉事厂审理。
至于“九卿会审”，则直接取消了，外行人还是少插手司法案件为妙。
九卿会审，更多的不是审案子，而是大臣之间党争的博弈，谁输谁倒霉。
（九卿会审，即遇有特别重大案件，由三法司会同吏、户、礼、兵、工部尚书及通政使共同审理，最后的判决须奏请皇帝审核批准。）
地方的司法机关分为省、府、县三级，府、县由法院处理狱讼事务，省级的依旧由提刑按察使司处置，因为这部门本来就是单独列出的。
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