五军都督府分为中军都督府、左军都督府、右军都督府、前军都督府、后军都督府，划片管辖地方卫所。
遇到战事，五军都督府得服从兵部安排，领军作战。
当然了，五军都督府可以推选将领，武官的世袭考核及任官比试，由兵部、五府共同主持。
也就是说，五军都督府的武将们，负责管理地方卫所军队，负责募兵、练兵、作战。
而兵部的文官老爷们，负责调兵。
经过与军机部几个勋贵的商议，朱慈烺正式改左军都督府、右军都督府、前军都督府、后军都督府为东军都督府，西军都督府，南军都督府，北军都督府。
加上不变的中军都督府，五军都督府重置，管辖的地方亦做出变动。
中军都督府，领导指挥直隶、浙江、福建境内所有武装力量，设都督府于直隶南京，由天武三军戍卫直隶，。
东军都督府，领导指挥湖广、河南、江西境内所有武装力量，设都督府于湖广武昌，由安武军驻扎。
南军都督府，领导指挥广东、广西、云南、贵州境内所有武装力量，设都督府于云南昆明，由靖武军驻扎。
西军都督府，领导指挥陕西、四川境内所有武装力量，设都督府于陕西西安，由定西军驻扎。
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