西班牙人原本对大明颇为忌惮，何况当然在吕宋的华侨己达数万之众，势力极大。
西班牙殖民者疑心大明以此为借口，与吕宋的华人里应外合把自己赶走，从而排华情绪渐浓，想尽一切办法搞事情，煽动和蒙骗吕宋土著、日侨等各方力量排华。
在万历三十一年十月初三，不愿坐以待毙的华侨爆发了大起义，因缺乏武器和军事经验，紧紧坚持了四十一天被镇压了，并演变成一场对华侨的大屠杀。
当地土著和日侨在内的各方势力都参与了这次屠杀，屠戮的华侨人数高达三四万。
第一次大屠杀之后，国商人对吕宋心存恐惧，纷纷逃离吕宋，对当地的经济产生了极大的影响，吕宋岛渐渐物资匮乏，经济萧条，财政状况眼恶化，给西班牙殖民者造成了不小的影响。
为了解决这个问题，同时也担心大明会报复，西班牙总督派遣使臣前往大明周旋澄清，表示这是个误会。
万历皇帝虽然知道了真相，却因万历三大征导致国力疲惫不堪，无力举兵征讨，遂只不痛不痒的发了一份《谕吕宋檄》，也不了了之。
随着时间的推移，商人重利的品性同样暴露无遗，不断的又商船继续前往马尼拉通商，使得吕宋逐渐恢复了元气。
大明朝廷的不作为，使得西班牙人对吕宋华侨的欺压更加有恃无恐，于是在崇祯十二年又来了一个华人大屠杀事件。
说白了，排华大屠杀事件，不仅是西班牙殖民者为了遏制华人势力，同时也是为了抢夺华人的财富。
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