党政两方面的领导关系理顺了，下一步就是理顺部队之间的关系了。
原先的方案是：
344旅，旅长刘震，政委康克强，下属687、688、689团3个团
华北抗日民军第1旅，朱程任旅长，闻允志任政委，下属1、3团。
新编第2旅，田守尧任旅长(8月到职)，吴信泉任政委，下属4、5、6团，分别由原冀鲁豫支队第1、2、3大队改编而成，4团团长傅春早，政委周正华；5团团长覃健，政委贺大增；6团团长胡继成，政委鲍启祥(直南特委游击第二支队改编)。
新编第3旅，下属7、8、9团，由独立游击支队与地方武装改编而成，韩先楚任旅长，副旅长赵基梅，政委谭甫仁，政治部主任黄惠良;南下支队，司令员赵承金，政委谭冠三。
不过，后来执行的方案在原先的方案上，有了一点小变动，由于新688团还未成立，临时在纵队司令部参谋处当参谋实习的张庆林偶然提了一条建议，建议平衡新2旅和新3旅的战斗力，将原方案中的4团和7团对换，让新3旅也能有一个主力团，可以在主力南下后，更好的起到稳固稳定根据地的作用。
本来，张庆林还以为自己人小话微，没人会理会自己的建议，不过新3旅的韩旅长可不会放过，软泡硬磨到处活动，竟然就成功了。于是，冀鲁豫支队的第1大队就改编为了新3旅7团，省的在南下的途中，还被杨上将打电报调回去。为了加强4、8、9团的战斗力，教导团新培训的1期学员编成的3个营，被分到3个团里。教导团暂时缺编几个营，只剩下教导1营了。
在整编八路军第2纵队和组建冀鲁豫军区期间，除了扩编了在冀鲁豫边区活动的地方武装以外，还扩招了一大批农村青年参加了八路军，保证了武装部队编制的完整。
冀鲁豫军区下设直南、豫北、鲁西南3个军分区，内黄属第一军分区。同时，为加强冀鲁豫边区的党政军的统一领导，成立了军政委员会，黄大将、崔政委先后任书记。
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