但是，此刻福建台湾府却发生了一些变故。
康熙二十二年，福建水师提督施琅率水军2万人，战船230余艘于澎湖海域歼灭明郑军主力，郑氏王朝已无力抵抗清军，只得投降，结束在台湾历经22年的统治，台湾也因此成为清朝的领土。
康熙二十三年（1684年）清廷在台湾设置一府三县（台湾、凤山、诸罗），总兵官一员，兵八千；澎湖设副将一员，兵二千，隶属于福建省。
康熙六十年（1721年），凤山县知县出缺，暂由知府王珍兼理，王珍把知县职务交由他儿子管理，但王珍的儿子利用职权横征暴敛，向百姓无休止摊派各种苛捐杂税，怨声四起。
恰巧这时台湾地震引起海水泛涨，民间谢神唱戏，王珍以无故拜把为由，监禁四十余人。民众入山砍竹，王珍以违禁为由，抓二百多人，交了钱就放人，不交钱打四十板，驱逐过海，撵回原籍。民间耕牛、糖铺，交钱方许使用……
各种苛政层出不穷，百姓苦不堪言。
于是一个居住在凤山罗汉内门的养鸭卖鸭专业户朱一贵在三月十五日，与酒肉朋友黄殿、颜子京、李勇、吴外等十六人聚会拜把，决定效仿琼州府的张石川，干一票大的！
四月十九日，哥几个纠集一二百地痞无赖来到朱一贵家，给朱一贵黄袍加身。众人也一律改穿汉服，给朱一贵磕头，大声高呼：“吾皇万岁。”
大家拜毕，竟然就在周边劫掠一番，掳些金银财宝，做起了旗帐，造起了兵器，占民房十余间，揭竿而起。
起义的旗帜上写“大元帅朱”、“大明重兴”、“清天夺国”等字样，以示复明、光复故国。
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