三方：道方（锦衣弟子）4万9千多人、标方（隐衣弟子）6万4千多人、旗方（玄衣弟子）16万2千多人，由三位副魁主分别兼领三方的方主。各方设副方主、军师、相主、方主佐理。
十曹由魁主、军师、相主执掌。
十曹：枢廷曹（职能大致相当政府办公厅，辖25独立分旗6万2千5百多人，1独立分旗2500人左右。）、兵务曹（掌军政。直辖36独立分旗7万9千2百人左右，1独立分旗2200人左右。）、谍务曹（掌对外刺探机密、情报、侦查，辖16独立分标，2万4千人左右。）、外务曹（掌与外部绿林、帮会、官府交往兼刺探消息，辖9独立分标，近1万4千人）、吏务曹（掌各级头领的任免、铨叙、考绩、升降等）、户务曹（掌土地、户口、钱粮等）、礼务曹（掌典礼、考试等）、刑务曹（掌刑法、狱讼等）、工务曹（掌工程、营造、屯田、水利等）、内务曹（刺探金枪会内部各级头领行为）。
魁帅（知帅）、辅帅、首佐、佐帅、检帅下设录事（相当于秘书）、从事（相当于警卫），录事相当于从六阶至正六阶的廊主、副廊主。从事相当于从七阶到正七阶的亭主、副亭主。
襄帅下设录事，次级别的录事相当于从七阶到正七阶的亭主、副亭主。从事相当于从八阶到正八阶的案主、副案主。
各曹、各道、各标、各旗，头领及副头领下设录事、从事，次级别的录事相当于从八阶到正八阶的案主、副案主。卫事无级别。
各廊、各分道、各分标、各分旗，头领及副头领下设录事、从事。
枢廷曹由魁主直接统辖。枢廷曹曹主有一个魁主佐理（佐帅）领曹务事。
军师掌管，兵务曹（直辖36独立分旗7万9千2百人左右，1独立分旗2200人左右。）、谍务曹（辖16独立分标）、外务曹（辖9独立分标）三曹。兵务曹曹主由副军师（襄帅）领曹务事。
相主掌管，吏务曹、户务曹、礼务曹、刑务曹、工务曹、内务曹六曹。
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