自从亚历山大.皮尔斯的洞察计划阴谋破产后，他的遗留下来的资源被另外三个最大的九头蛇势力瓜分。
这三个派系是丹尼尔.怀特霍尔（沃纳.莱因哈特）领导的一派，吉迪恩.马利克领导的一派，还有东欧的沃尔夫.冯.斯特拉克男爵一派。
怀特霍尔一直研究方尖碑和异人族，马利克研究超空间巨石，梦想能迎回九头蛇始祖，斯特拉克男爵最近比较低调，不知道在策划什么。
这三派岁同属九头蛇，但互不统领，各自为政。而且因为争夺皮尔斯留下的资源，还摩擦不断。
总之，全世界都乱了套，殃及了无数无辜民众。
忠诚于神盾局的特工们不得不转入地下，继续与九头蛇进行战斗。
弗瑞最终将工具箱交给了菲尔.科尔森，让他重建神盾局。他和希尔则转入霖下，不知道策划着什么。
这艘本该在神盾局陷落后失踪的空母舰—阿贾克斯号，被网系统持续不断地搜寻下，终于露出了身影。
黛西立刻将消息报告给了副局长维多利亚.汉德。
汉德又将消息转告给了科尔森，势单力薄的科尔森立刻恳求剑局能给他一些技术支援。
维多利亚有些为难，剑局的力量几乎都投入到香格里拉计划当中，留守地球的只有一艘守卫超空间接收装置的护卫舰和一些附属的新星战机。
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