哨为最基层的作战单位，步兵每十人编为一哨，设哨总一人；
四个长枪哨（长枪兵配弓箭）、三个牌刀哨（牌刀手配火铳或弓箭）、二个火铳哨为一步兵队。。设部总一人；
四个步兵队、一个炮兵队（下辖五个炮兵哨，以轻型和中型的湖广制红夷炮为主，战时可以集中使用，也可以分散给各步兵队）为一步兵旅，设掌旅一人；
骑兵旅编制较小，辖三个骑兵队，共三百骑，皆配马槊、腰刀和手铳；炮兵旅则辖五个炮兵队，根据轻重炮的配比，拥有十门至二十余门轻重火炮；
四个步兵旅、一个骑兵旅、一个炮兵旅（将过去使用的大将军炮一律替换为湖广制的重型红夷炮）为一步兵标；四个骑兵旅、一个炮兵旅为一骑兵标；皆设威武将军一人、都尉三人（旗鼓都尉、左都尉、右都尉）。
以上步兵标3000人，骑兵标2000人，都是基本战术兵团。原本特设的高达标，兵力则为3000人，扩编至五军中每军都拥有一个突破土木工事用的高达标。每个师一般情况下，是由两个步兵标、一个骑兵标及若干师直属部队组成，一师约万人左右，皆设制将军一人、果毅将军一人掌握。
最终兵力及编制为：军（三万人至五万人，权将军掌之）、师（一万人，制将军掌之，果毅将军副之）、标（二千人至三千人，威武将军掌之，都尉副之）、旅（三百人至五百人，掌旅掌之）、队（一百人，部总掌之）、哨（十人，哨总掌之）。
至于五军，自然皆由权将军掌兵。
原本五营中的中营，改称殿前军，原本五营中的前营。则加强为殿中军。五军具体将领则如下：
殿中军：权将军郭君镇，制将军郝摇旗、张皮绠、陈永福、苗里琛、李世威；
殿左军：权将军刘芳亮，制将军刘汝魁、马世耀、牛成虎；
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