2000年到2002年，由于处于“湖人王朝”时期，马刺队两度遭湖人队淘汰。
200203——第二冠进入2002－03赛季，马刺知道这将成为大卫罗宾逊在球队新主场圣安东尼奥SBC中心（后更名为AT＆T中心）征战的最后一个赛季。为了铭记这个特殊的时刻，马刺更新了“嘉年华彩色”队标，回归原始的银、黑图形（虽然在“嘉年华彩色”队标时期球衣依旧使用的是银色和黑色）。
今年的马刺与以往大不相同。2001年NBA选秀大会上选中的法国明星球员托尼帕克已经成为了球队首发控球后卫。此外，马刺阵容还集结了一批新得来的三分手，包括斯蒂芬杰克逊、丹尼费里、布鲁斯鲍文、史蒂夫科尔、史蒂夫史密斯以及1999年二轮签抽中而今年才开始其NBA菜鸟赛季的阿根廷“妖刀”马努吉诺比利。
马刺开局并没有想象中的顺风顺水，以19－13的战绩进入一月。一月份马刺全新的体系开始逐渐成型，随后在连续的9个主场比赛里拿下8场，重登榜首。马刺队一路高奏凯歌，在赛季结束前抹去了7场胜差，与达拉斯小牛队并列赢得NBA最佳战绩。蒂姆邓肯随后打破平局，帮助马刺赢得了队史第三个赛区冠军，自己也理所当然地赢得了职业生涯第二个NBA最有价值球员奖。
以中西部赛区第一身份进入季后赛后，马刺迎来的第一个对手是太平洋赛区第四菲尼克斯太阳队。第一场比赛马刺队就送给了球迷们一个“惊喜”，95：96一分输给西部第八太阳队。太阳队新秀阿玛雷斯塔达迈尔利用终场前79秒的三分把双方拖进加时赛并最终险胜。这场比赛，马刺全队罚球41罚仅26中。尽管首轮告负，马刺队依然凭借高出一筹的实力拿下了第2、3、5、6场比赛，顺利晋级。
第二轮马刺队迎来了洛杉矶湖人队。在过往的几个赛季里，马刺曾屡次被湖人击败。不过眼看湖人队日渐衰弱，马刺复仇的机会到了。他们一开始便在主场以87：82击败了湖人。前两场比赛，凭借着邓肯、罗宾逊和鲍文的出色发挥，马刺没有让家乡球迷失望。但来到洛杉矶后，马刺前两场的优势消失殆尽，湖人主场两连胜扳平了总比分。第5场比赛回到马刺主场，湖人“关键先生”罗伯特霍里最后一击失手，2分惜败马刺。洛杉矶人感到了不祥之兆。回到湖人主场，马刺队110：82让＂OK＂组合哭了个痛快。
西部决赛，马刺迎来了最强劲的一个对手——达拉斯小牛队。两队的比赛相当胶着，但在第二场较量中，小牛当家球星德克诺维茨基在比赛中与马努吉诺比利的一次相撞受伤，导致了前者随后三场比赛的缺阵。马刺顺利地42战胜对手，晋级总决赛。总决赛对手新泽西网队在东区决赛中以4：0横扫了底特律活塞队，坐看马刺苦战6局出线。而马刺队与网队的总决赛着实可以用“丑陋”来形容，马刺队有些漫不经心，始终保持着胜一场输一场的节奏，似乎铁着心要在家乡球迷面前夺一回冠，邓肯永远不温不火，不知不觉连续拿下了14个两双！网队在马刺的防守面前无所适从，主动权一直掌握在马刺手中。马刺再次不出意料4：2战胜了对手，于是赢得了球队历史上第二个NBA总冠军。邓肯加冕NBA常规赛和总决赛双项MVP；大卫罗宾逊带着总冠军戒指在圣安东尼奥告别了14年的NBA生涯；老将史蒂夫科尔终于能将一只手的5根手指都套满总冠军戒指了；威利斯、史密斯、费里、帕克、吉诺比利、巴特尔等人也第一次亲手触摸到了奥布莱恩杯。
200304赛季二度夺冠后，大卫罗宾逊的退役使得圣安东尼奥从前令人胆寒的防守不复存在。季后赛英豪史蒂夫科尔（SteveKerr）和老前锋丹尼费里（DannyFerry）也渐渐步入生涯暮年。与此同时，替补控卫斯比迪克拉克斯顿（Speedy）转投勇士，斯蒂芬杰克逊远赴亚特兰大。为了填补阵容轮转中存在的多处漏洞，马刺在赛季前先后签约了几名重磅球员。从明尼苏达森林狼队签约的中锋拉休内斯特洛维奇（Rashoerovic）弥补了球队失去罗宾逊后的缺憾。马刺随后又低薪捡到了因得到布拉德米勒（BradMiller）而遭到萨克拉门托国王队抛弃的希度特克格鲁（Hedolu），后者代替杰克逊担当了锋线得分机器的职责。不过赛季前中最引人注目的签约还属加盟老将罗伯特霍里（RobertHorry）。这位人称“关键先生”（亦称“六月先生”）的前锋拥有无比强悍的心理素质以及出色的贴身防守技术。他的加盟为马刺队角色球员阵容中增添了浓墨重彩的一笔。
马刺在新失罗宾逊的情况下，努力磨合着9名新队员，截至12月3日仅仅交出了910的成绩。然而，马刺并不是没有机会逆转颓势。他们在年底连胜13场，重返联盟榜首。马刺为保住西部第一的位置一直奋战到了赛季结束，并以一个11连胜为常规赛收尾，但可惜以一场之差错失赛区冠军和西部最佳历史成绩。
季后赛中，马刺依旧状态火热，4场横扫孟菲斯灰熊队。第二轮，马刺遭遇“老冤家”洛杉矶湖人队。之前一年，马刺4比2淘汰湖人，让“OK”组合在斯台普斯球馆里大肆飙泪，同时也阻却了对手四连霸的企图。如今再度拍马叫阵，双方各有思量——湖人想证明去年只是个意外，而马刺想用一次连冠来镀一镀王朝的金身。总之，他们必须从对手的身上践踏过去。而罗伯特霍里赛季前从湖人转投马刺；卡尔马龙舍圣城而奔洛城，无疑为这组对决火上浇油。
马刺拿到了和湖人对决时的主场优势，他们的连胜势头在一上来的两个主场还得以延续，然而在洛城SBC中心却突然没了手感，被马刺连扳两城。整个圣安东尼奥都想把科比生吞活剥——球迷甚至也打出了“滚蛋吧，犯”的标语牌，让科比恍然以为来到了纽约。
第五场“天王山之战”，之前26投10中的科比在还剩115秒时投中一球，湖人7271领先。随后邓肯在高位接球，奥尼尔紧贴。邓肯向里运了两次球，来不及看时间，邓肯向左后方侧仰，迎着奥尼尔的巨掌，用一个不规则的动作将球扔进篮筐。马刺73比72。可惜邓肯留给了对手04秒。连续三次暂停过后，佩顿在界外伺机发球，奥尼尔佯下篮下，带走防守球员；科比跑到三分线外，吉诺比利和霍里上去夹击；德里克费舍尔身前空空如也。刹那间，佩顿将球抛了出去，费舍尔翻身在空中将球信手掷出。皮球划出高高的弧线，栽进篮筐。
主裁丹克劳福德与两名裁判一遍遍回看录像，最终认定费舍尔在时间还剩01秒时出手，所以进球有效，马刺遗憾出局。
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