在明元帝末年，寇谦之从嵩山入平城，结交崔浩，常通宵达旦听崔浩谈论古代治乱史，为之叹美。后来，寇谦之把儒家学说和佛教经律论及斋戒祭祀仪式吸收到道教中来，重新改造五斗米道，以期使后魏帝王容易接纳。
寇谦之的新天师道得到太武帝崇奉之后，自然影响到佛教的发展，但当时太武帝对佛教并无恶意。后来，太武帝发现僧尼不守清规，干些伤风败俗的事，遭到太武帝的怨恨，才下令禁僧俗来往。太平真君六年，发现长安佛寺僧人与起兵反魏的胡人盖吴有关，下令诛杀长安沙门。第二年，下诏各州杀僧人，毁佛像，禁民信佛。一时，北魏佛教受到摧毁性打击而衰败。这就是历史上有名的“三武一宗”灭佛事件的“太武灭佛”。
然而，寇谦之对太武帝灭佛活动，不太热心，甚至反对。他认为道教已处于国教地位，佛教已无力相争，没必要排佛；道佛互相融合，可以共处，根本没有发展到你死我活的地步；而且老子化胡，释迦牟尼是老子的化身，三教在周朝才开始分家立派，毕竟还是一家。他更认识到以太子晃为首的鲜卑贵族崇佛抑道；排佛过于激烈，势必影响政局不稳，不利道教。所以，对于执意灭佛的崔浩，多次争辩利害得失，崔浩不听。崔浩想施展用儒家思想来治国，削弱贵族势力。
魏太武帝的废佛行动，始自太平真君五年的弹压沙门，他下令上自王公，下至庶人，一概禁止私养沙门，并限期交出私匿的沙门，若有隐瞒，诛灭全门。翌年，卢水的胡人盖吴在杏城起义，有众十余万人。七年，太武帝亲自率兵前去镇压，到达长安时，在一所寺院发现兵器，怀疑沙门与盖吴通谋，大为震怒，下令诛杀全寺僧众。崔浩趁机劝魏太武帝灭佛，于是太武帝进一步推行苛虐的废佛政策：诛戮长安的沙门，焚毁天下一切经像。一时之间，举国上下，风声鹤唳。
影响
当时太子拓跋晃监国秉政，一向笃信佛法，再三上表，向太武帝劝阻，虽然都不被采纳，但也由于如此，废佛的诏书得以缓宣，而使远近的沙门闻讯逃匿获免，佛像、经论亦多得密藏；然而魏国境内的寺院塔庙却无一幸免于难，史称太武法难。废佛后不久，寇谦之病死，崔浩后来也因撰《魏史》，书中蔑视胡族而遭腰斩，其族人被诛者百余人。废佛后六年，魏太武帝驾崩，魏文成帝即位，下诏复兴佛教，佛教才又逐渐恢复发展。
接下来就得说北周武帝宇文邕了，他是宇文泰的第四个儿子。他当了十八年皇帝，死时仅三十五岁，史称北周武帝，是南北朝时期著名的政治家和军事家。
这样一名出色的政治家和军事家，为什么灭佛呢？其中的原因是复杂的。首先我们要回顾一下周武帝的出身。宇文护，又名萨保，是宇文泰的侄儿。西魏时，曾任大将军、司空。556年，宇文泰病重临终之际，曾要求宇文护辅佐少主，宇文护表面许诺。第二年，他立宇文觉为帝，建北周。宇文觉“性刚果，恶晋公护之专权”。宇文护见他不服，不久将他毒死，另立宇文毓为帝，为北周明帝。北周明帝在位四年后，宇文护又将他毒死，改立北周武帝——宇文邕。在武帝掌权之前，大权为宇文护掌握。宇文护大力推行佛道，因此当时的武帝也对佛道极力的推崇，这可能也是明哲保身迫不得已之举。
天和二年，有一个叫卫元嵩的人给周武帝上书，认为“唐、虞无佛图国安；齐、梁有寺舍而祚失者，未合道也。但利民益国，则会佛心耳。夫佛心者，大慈为本，安乐含生，终不苦役黎民。”因此，他建议周武帝灭佛。公元572年，周武帝诛杀宇文护，把大权收归己有后，于次年十二月，又召集道士、僧侣、百官再次讨论佛、道、儒三教的问题。这一次，“帝升高坐，辨释三教先后，以儒为先，道教为次，佛教为后”。把佛教抑为最末，事实上已是灭佛的前奏。
当时有些佛教徒不知周武帝用意所在，还一个劲地争辩不休，说明佛教当在道教之上，心里很不服气。而另一些明眼人却看透了周武帝的心事，指出：“若他方异国，远近闻知，疑谓求兵于僧众之间，取地于塔庙之下，深诚可怪。”他们认为周武帝这样做并不能达到预期目的，因为“但顽僧任役，未足加兵；寺地给民，岂能富国”。
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