朱之瑜的学术博采众家所长，常谓“千金之裘，非集于一狐之腋”，博通经史，最喜《资治通鉴》，长于《春秋》；道德上，主张忠君爱国，推崇苏武、文天祥的伟大人格。正是这种不尚虚华的学风、扎实严谨的学问和刚直崇高的人格，他的学术于日本扬光大，当时的日本学者以师事朱之瑜为荣，比拟为“七十子之事孔子”。
而博采众长，取精华、弃糟粕，这也正是朱永兴所提倡和尊循的。
“今上英明。”朱之瑜精神一振，倒不是因为可能会当官，而是自己的学问会得到赞赏，这才是一个读书人最感欣慰的事情。
朱之瑜论学问，以实用为标准。所谓实用者，一曰有益于自己身心，二曰有益于社会。他说：“为学之道，在于近里着己，有益天下国家，不在掉弄虚脾，捕风捉影……勿剽窃粉饰自号于人曰‘我儒者也’。处之危疑而弗能决，投之艰大而弗能胜，岂儒者哉？”
“舜水兄还有所不知啊！”张煌言轻轻叹了口气，说道：“若按圣上的心思，恐怕这儒学要没落了。嗯，圣上尊亚圣，也不好这么说。但圣上对儒学的一些理论确是有些厌恶，只是耐着性子，暂且隐忍不而已。”
“圣上年轻气盛，有些偏颇也在所难免吧？”朱之瑜不太确定地说道：“苍水兄已入阁封相，为何不多劝劝圣上？”
张煌言苦笑了一下，说道：“今上学问日涨，且言而据，行而有效，空言相劝无益啊！”
朱之瑜虽然想归国效力，但并没有想到会面临这样的问题，不由得陷入了深深的思索之中。
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