而且，朝廷各卫的指挥使都是正三品，各省的军事长官都指挥使为正二品，要高于本省的行政长官布政使（从二品）。地方各卫的指挥使也是三品官，千户所的千户为正五品，百户所的百户为正六品，都远高于知县（正七品）。
但是这套武官系列到了明中期后就运转不灵，朝廷陆续在各地设置“总兵”作为某一部队的总指挥，并另行委派参将、游击、守备等中级军官作为基层部队的指挥官。而在这些武官之上具有战区指挥权的却往往是朝廷派出的文官担任的“提督”、“总督”、“经略”。
以文抑武或以文制武的弊端，朱永兴知道得很清楚，但他也知道武将不听号令，挟兵自重，或贪功滥杀的害处。
所以，军队政治化是一个制约的措施。这样做不仅能增强军队的凝聚力、战斗力，忠君爱国的思想也会慢慢渗透进每个士兵的心里。虽然政治工作发展的时间并不长，政务官员的经验还显不足，但随着时间的推移，朱永兴还是对此充满信心。
在军队政治化达到令人满意的程度之前，朱永兴便需要压制已经出现的以文制武的苗头，并且用变通的办法来理顺军、政的关系。
“文武不和，国之大害，请殿下放心，末将等定遵从宗总督的命令，绝不敢自作主张。”祁三升和高启隆交换了下目光，由祁三升向朱永兴作出了保证。以文制武的风声，他们两人都有耳闻，现在看来是要开始实施了。
“军、政分开，这是曰后必行的政策，汝等不必担心。”朱永兴仿佛看穿了二人的想法，笑着说道：“但依目前的状况，军政交集，也是没有办法的事情。宗守义可以下令作战，但如何作战，却还是你们与参谋团商议后决定，他也无权干涉。”
这就是变通，打与不打握在文官手中，如何打却依然是武将作主。这样做的好处是相互有个制约，又避免了外行指挥内行的弊病。
“殿下英明。”祁三升和高启隆担心的也正是被不懂军事的文官瞎指挥，现在有了很大的自主权，也便稍感满意。
朱永兴又与二人研讨了一番中南半岛的形势，觉得没有什么疏漏后，又设便宴为二人饯行。宴毕，朱永兴亲自送二人至府门，方才回到办公室继续工作。
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