在围绕皇位继承权进行争斗的同时，东林党人同反东林各派展开了尖锐的权力之争。
这表现于许多方面，主要是争“京察”。
京察是明代考核京官的一种制度，规定六年一次，称职者予奖或晋升，不称职者处罚或斥退。
争京察就是争朝廷的人事大权。
1605年（万历三十三年）的京察，由东林党人、吏部侍郎杨时乔主持。
他在京察中提出要处分的人，有几个是首辅沈一贯的党羽。
沈一贯的党羽钱梦皋等人受到包庇，未遭处分，而杨时乔反被严旨斥责。
不过，东林党人和其他一些朝臣一再奏劾沈一贯遍置私人、欺上瞒下，沈一贯也被迫谢病不出，于次年退休。
1611年（万历三十九年）京察时，东林党人、大学士叶向高主持朝政，这一次，齐、楚、浙、宣、昆等党一些人物被罢了官。
但在南京则出现了另一种局面。
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