顾宪成因争立皇太子事引起神宗反感。
1594年（万历二十二年），朝廷会同推荐选任内阁大学士（习称阁臣），顾宪成提名的人，都是神宗所厌恶的，从而更触怒了神宗，竟被削去官籍，革职回家。
顾宪成回到了家乡，决定从事讲学活动，同时宣扬他的政治主张。
恰好在无锡有一所宋朝学者杨时曾经讲过学的东林书院，他就同弟弟顾允成倡议维修。
顾宪成在士大夫中声望很高，得到许多地方人士以至常州知府、无锡知县的资助和支持，在1604年（万历三十二年）修复了这所书院。
同年十月，顾宪成会同顾允成、高攀龙、安希范、刘元珍、钱一本、薛敷教、叶茂才（时称东林八君子）等人，发起东林大会，制定了《东林会约》，规定每年举行大会一、二次，每月小会一次。
兴起
东林学派的兴起，标榜气节，崇尚实学，对于扭转士风起了积极的作用。
他们在讲学中经常触及社会现实问题，议论如何改变政治腐败、民不聊生的状况。
高攀龙曾经指出：“此时民不聊生，大乱即将来临。”
顾宪成也感到，危机四伏的政治形势已如同“抱柴于烈火之上”；他因而认为，在朝廷做官的不考虑朝政，在地方做官的不留心民生，隐退乡里的不关心世道，都是不足取的。
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