在漆黑的夜空之下，一切都在继续。
哪怕在黑暗之中也是一样。
在接下来的日子里，一切顺利。
至少表面看起来是如此，碇真嗣，绫波丽和明日香的生活，也越来越向着很多日本正统机器人动画里的主角日常靠拢了。碇真嗣逐渐变得开朗起来，绫波丽也懂得和别人打招呼了，明日香更是和班长的关系突飞猛进，成了一对好闺蜜。
大家偶尔在班里吵吵架，聊聊天，怼怼人，然后下课就写作业，接受训练。等使徒来了就打打使徒———如果日子能够就这样继续下去的话，那么倒也不错。
但是方正却知道，事情并没有这么简单。
从表面来看，nerv的发展 更新快一切正常，红马尾在那之后没有出现，各个势力组织之间的斗争似乎也暂时因此陷入了停滞，开始呈现出你好我好大家好，团结一致对使徒的热闹场面。
然而，伴随着使徒一个个被消灭，nerv，seele，联合国，各个机构都逐渐开始向着最后的终点冲刺了。
这就好像一场马拉松，从as到中途，大家可以不用在意相互之间的进度，但是当终点线出现在眼前时，就是另外一副模样了。
而就在这种气氛之中，对于碇真嗣等人来说，最强大的敌人出现了。
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